La recherche est le troisième pilier des activités du musée hormis la conservation et la médiation. C’est pourquoi le strict respect des règles scientifiques fondamentales est un impératif de premier ordre pour tous les chercheurs d’Augusta Raurica. La recherche archéologique à Augusta Raurica est composée de trois organismes : le forum de recherche (FoFo), un regroupement général de tous les chercheurs, le comité de recherche (FoKo) qui dirige, organise et coordonne, et enfin le groupe ForStatt qui développe les plans, les stratégies et les concepts de recherche.

La recherche à Augusta Raurica : un réseau national et international

Afin de faire progresser la recherche globale, mais également de se connecter et d’échanger, Augusta Raurica travaille en étroite collaboration avec diverses institutions nationaux et internationaux.

Université de Bâle
- Vindonissa Professur
- Integrative und prähistorische Archäologie (IPNA)
- Klassische Archäologie
- Ur- und Frühgeschichtliche und provinzialrömische Archäologie
- Alte Geschichte

Université de Berne
- Institut für Archäologische Wissenschaften der Universität Bern

Université de Zurich
- Abteilung für Ur- und Frühgeschichte der Universität Zürich

Université de Lausanne
- Institut d'archéologie et des sciences de l'antiquité, Université de Lausanne

Université de Frankfurt/Main
- Abteilung II: Archäologie und Geschichte der römischen Provinzen sowie Archäologie von Münze, Geld und von Wirtschaft in der Antike