Dès la fin du IIe siècle, les invasions germaniques, les guerres civiles et les épidémies affaiblirent l’Empire romain. La situation économique périclita, la population s’appauvrit. Les frontières de l’Empire reculèrent jusqu’au Rhin, après la chute de la limes, vers 260 ap. J.-C. La ville était de nouveau en territoire frontalier. Des temps incertains marqués de conflits guerriers suivirent. Vers 280, l’éperon du Kastelen, au-dessus de l’emplacement du musée actuel, fut entouré d’un rempart et défendu par une alternance de talus et de fossés. Le fort était ainsi en mesure de protéger la population décimée d’Augusta Raurica. Les autres quartiers de la ville étaient pour la plupart abandonnés.