A partire dalla fine del II secolo d. C. l’impero romano viene indebolito dalle continue incursioni germaniche, dalle guerre civili e dalle epidemie. Il quadro economico peggiora e la popolazione si impoverisce. Dopo la caduta del limes, nel 260 d. C., la frontiera dell’impero ritorna ad essere sul Reno: Augusta Raurica si trova di nuovo in pericolo. Seguono anni difficili, segnati da continue guerre. Verso il 280 d. C. il promontorio di Kastelen, la zona che domina il Museo, viene fortificato con delle mura e un sistema di terrapieni e fossati. La fortezza offre rifugio e protezione alla popolazione della città, fortemente decimata. Gli altri quartieri vengono abbandonati quasi completamente.